Xyz-Format

Erweiterte Suche

Dieser Artikel ist nicht hinreichend mit Belegen (beispielsweise Einzelnachweisen) ausgestattet. Die fraglichen Angaben werden daher möglicherweise demnächst entfernt. Bitte hilf der Wikipedia, indem du die Angaben recherchierst und gute Belege einfügst. Näheres ist eventuell auf der Diskussionsseite oder in der Versionsgeschichte angegeben. Bitte entferne zuletzt diese Warnmarkierung.
Bisher sind keinerlei Quellen angegeben. --DF5GO • ☎ • 01:23, 13. Dez. 2012 (CET)

Das xyz-Format wird in der Computerchemie und Bioinformatik verwendet und enthält kartesische Koordinaten in drei Dimensionen zur Beschreibung der Positionen von Atomen in Molekülen. Als Maßeinheit werden meist Ångström, seltener atomare Einheiten verwendet.

Dieses Format wird von vielen Programmen verstanden, eine formale Definition wurde aber nie veröffentlicht. Deshalb kann sich das Format je nach verwendetem Computerprogramm leicht unterscheiden, bzw. das jeweilige Programm kann Probleme beim Lesen nicht-konformer xyz-Dateien haben.

Formatspezifikation

Wie die meisten in der Computerchemie verwendeten Dateiformate ist auch das xyz-Format zeilenorientiert aufgebaut:

1. Zeile:              Anzahl der Atome  (Ganzzahl)
2. Zeile:              Kommentar         (Zeichenkette)
3. Zeile und folgende: Elementname x- y- z-Koordinaten (Zeichenkette bzw. Ganzzahl, 3 Kommazahlen)

In seiner allgemeinsten Spielart erlaubt das xyz-Format in den Atomspezifikationen ab der dritten Zeile noch die Angabe einer (Atomladung, Kommazahl), dreier (kartesischer Schwingungsvektor, 3 Kommazahlen) oder vierer (Schwingungsvektor und Atomladung) zusätzlicher Spalten.

Element  x y z [x-vektor y-vektor z-vektor] [q]

Anders als andere weitverbreitete Dateiformate (z.B. pdb-Format) gibt das xyz-Format keine festen Zahlenformate und -positionen vor.

Beispiel

Im folgenden ist eine Beispieldatei für das Wassermolekül dargestellt. Alle Koordinatenangaben (ab Zeile 3, Spalte 2 bis 4) sind in Ångström, die Ladungen als Vielfaches der Elementarladung angegeben:

        3
Wassermolekuel, in x-y-Ebene liegend; AM1-Rechnung
    O       0.000000     0.000000     0.000000     -0.382710
    H       0.961151     0.000000     0.000000      0.191355
    H      -0.224986     0.934448     0.000000      0.191355

Diese Artikel könnten dir auch gefallen

Die letzten News aus den Naturwissenschaften

17.01.2022
Quantenphysik | Teilchenphysik
Ladungsradien als Prüfstein neuester Kernmodelle
Ein internationales Forschungsprojekt hat die modernen Möglichkeiten der Erzeugung radioaktiver Isotope genutzt, um erstmals die Ladungsradien entlang einer Reihe kurzlebiger Nickelisotope zu bestimmen.
13.01.2022
Sonnensysteme | Planeten | Elektrodynamik
Sauerstoff-Ionen in Jupiters innersten Strahlungsgürteln
In den inneren Strahlungsgürteln des Jupiters finden Forscher hochenergetische Sauerstoff- und Schwefel-Ionen – und eine bisher unbekannte Ionenquelle.
12.01.2022
Schwarze Löcher | Relativitätstheorie
Die Suche nach einem kosmischen Gravitationswellenhintergrund
Ein internationales Team von Astronomen gibt die Ergebnisse einer umfassenden Suche nach einem niederfrequenten Gravitationswellenhintergrund bekannt.
11.01.2022
Exoplaneten
Ein rugbyballförmiger Exoplanet
Mithilfe des Weltraumteleskops CHEOPS konnte ein internationales Team von Forschenden zum ersten Mal die Verformung eines Exoplaneten nachweisen.
07.01.2022
Optik | Quantenoptik | Wellenlehre
Aufbruch in neue Frequenzbereiche
Ein internationales Team von Physikern hat eine Messmethode zur Beobachtung licht-induzierter Vorgänge in Festkörpern erweitert.
06.01.2022
Elektrodynamik | Quantenphysik | Teilchenphysik
Kernfusion durch künstliche Blitze
Gepulste elektrische Felder, die zum Beispiel durch Blitzeinschläge verursacht werden, machen sich als Spannungsspitzen bemerkbar und stellen eine zerstörerische Gefahr für elektronische Bauteile dar.
05.01.2022
Elektrodynamik | Teilchenphysik
Materie/Antimaterie-Symmetrie und Antimaterie-Uhr auf einmal getestet
Die BASE-Kollaboration am CERN berichtet über den weltweit genauesten Vergleich zwischen Protonen und Antiprotonen: Die Verhältnisse von Ladung zu Masse von Antiprotonen und Protonen sind auf elf Stellen identisch.
04.01.2022
Milchstraße
Orions Feuerstelle: Ein neues Bild des Flammennebels
Auf diesem neuen Bild der Europäischen Südsternwarte (ESO) bietet der Orion ein spektakuläres Feuerwerk zur Einstimmung auf die Festtage und das neue Jahr.
03.01.2022
Sterne | Elektrodynamik | Plasmaphysik
Die Sonne ins Labor holen
Warum die Sonnenkorona Temperaturen von mehreren Millionen Grad Celsius erreicht, ist eines der großen Rätsel der Sonnenphysik.
30.12.2021
Sonnensysteme | Planeten
Rekonstruktion kosmischer Geschichte kann Eigenschaften von Merkur, Venus, Erde und Mars erklären
Astronomen ist es gelungen, die Eigenschaften der inneren Planeten unseres Sonnensystems aus unserer kosmischen Geschichte heraus zu erklären: durch Ringe in der Scheibe aus Gas und Staub, in der die Planeten entstanden sind.