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Prototrophie ist ein Begriff aus der Mikrobiologie und bezeichnet Lebewesen (insbesondere Bakterien- oder Hefe-Stämme), die alle benötigten organischen Wachstumsfaktoren (Suppline) selbst synthetisieren können.
Das Gegenteil von Prototrophie wird als Auxotrophie bezeichnet.
Beispiel
Der Stamm leu+ von Escherichia coli ist bezüglich der Aminosäure Leucin prototroph, der Stamm leu− ist für Leucin auxotroph, muss also diesen Stoff aus der Umgebung oder dem Nährboden aufnehmen.