OpenChrom

OpenChrom ist eine freie Software zum Analysieren massenspektrometrischer Daten der Chromatographie. Unterstützt werden verschiedene Datenformate wie zum Beispiel *.D (Agilent Technologies), NetCDF (*.cdf) und MzXML (*.mzxml). Mittlerweile bietet OpenChrom ein eigenes Datenformat (*.ocb) an, um Chromatogramme mitsamt Peaks und Identifizierungsergebnissen abspeichern zu können. Die Software verfügt über eine anpassbare grafische Oberfläche. Zum Bearbeiten der chromatographischen Daten stehen Methoden zum Finden von Basislinien als auch zum Detektieren und Integrieren von Spitzen bereit. Filter erlauben eine zusätzliche Optimierung der Daten, zum Beispiel, um Massenfragmente (m/z) wie Wasser (18) und Stickstoff (28) zu entfernen.

OpenChrom ist freie Software und basiert auf einem modularen Ansatz, um zusätzliche Methoden und Algorithmen in die Plattform zu integrieren. Daher kann OpenChrom an die eigenen Bedürfnisse angepasst werden.

OpenChrom baut auf der Eclipse Rich Client Platform (RCP) auf und ist für die Betriebssysteme Microsoft Windows, Linux und Mac OS X verfügbar. OpenChrom steht unter der Eclipse Public License 1.0 (EPL). Drittkomponenten werden über separate Plugins bereitgestellt und liegen unter verschiedenen OSI-kompatiblen Lizenzen vor.

Geschichte

OpenChrom entstand im Rahmen der Dissertation von Philip Wenig an der Universität Hamburg. Im August 2010 hat OpenChrom den ersten Platz beim Thomas Krenn Open-Source-Förderwettbewerb belegt sowie im März 2011 den Eclipse Community Award als beste RCP Anwendung gewonnen.

Hauptfunktionen

• Native Bearbeitung chromatographischer Daten (OpenChrom *.ocb, Agilent *.D, Finnigan ITDS *.dat, Finnigan ITS40 *.ms, Varian *.SMS, Varian *.XMS, Shimadzu *.qgd, NetCDF *.cdf, mzXML *.mzxml, CSV *.csv)
• Speichern chromatographischer Daten (Microsoft Office Excel *.xlsx, PDF *.pdf, ZIP *.zip)
• Unterstützung für eine automatische Verarbeitung der Daten (Batch Process)
• Unterstützung für Basisliniendetektoren
• Unterstützung für Spitzendetektoren und -integratoren
• Unterstützung für Filter (Entfernen von Massenfragmenten und Scans, Rauschreduzierung, Savitzky-Golay-Filter, CODA, Backfolding)
• Unterstützung zum Anpassen von Retentionszeiten
• Unterstützung für den Vergleich von Chromatogrammen
• Unterstützung für die Identifikation von Peaks und Massenspektren
• Unterstützung zur Erstellung von Chromatogramm- und Peakdatenbanken
• Rückgängig-/Wiederholen-Funktionalität
• Einbindung von OpenOffice/LibreOffice und Microsoft Office
• Modular erweiterbar durch Plugins
• Unterstützung von Updates

Weblinks

• offizielle Webpräsenz
• Projektübersicht bei SourceForge
• Sieger bei den Eclipse Community Awards 2011 "Best RCP Application"
• Sieger bei Thomas Krenn Open Source Förderung 2010
• Bericht des Linux Magazin
• OpenChrom im Eclipse Marketplace
• Loads2Chrom
• Eclipse RCP im Wissenschaftsbereich

Quellen

• OpenChrom: a cross-platform open source software for the mass spectrometric analysis of chromatographic data, Philip Wenig, Juergen Odermatt, BMC Bioinformatics; 2010; www.biomedcentral.com/1471-2105/11/405/abstract
• Post-optimization of Py-GC/MS data: A case study using a new digital chemical noise reduction filter (NOISERA) to enhance the data quality utilizing OpenChrom mass spectrometric software, Philip Wenig, Journal of Analytical and Applied Pyrolysis; 2011; www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0165237011001069
• Characterizing odorous emissions using new software for identifying peaks in chemometric models of gas chromatography – mass spectrometry datasets, K.R. Murphy, P. Wenig, G. Parcsi, T. Skov, R.M. Stuetz, Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems; 2012; www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0169743912001505